Вариант с IMPOSM3.
Сначала грузим файлы в кеш, для каждого вызывая:
imposm import -mapping $mapping -read $filename -cachedir $cache -appendcache
При этом в режиме -appendcache данные там копятся.
После того как все файлы залили - переливаем их в БД:
imposm import -mapping $mapping -connection $connstr -cachedir $cache -write
И весь кеш улетает внутрь PGSQL/PostGIS.